Добавляем в functions.php вашей темы

// Отменяем скидки при определенном методе оплаты woocommerce
function cancel_coupons_on_payment_method($cart) {
// Проверяем, выбран ли метод оплаты с идентификатором _ваш_идентификатор_
if (isset($_POST['payment_method']) && $_POST['payment_method'] === '_ваш_идентификатор_') {
// Отменяем примененные купоны
$cart->remove_coupons();
// Выводим сообщение пользователю
wc_add_notice('Купон невозможно использовать с выбранным методом оплаты.', 'error');
}
}
add_action('woocommerce_before_calculate_totals', 'cancel_coupons_on_payment_method');

Код метода оплаты модно посмотреть тут, смотрим после =